Возникновению «Высшего Церковного Управления Православной Российской Православной Церкви»  (ВЦУ ПРЦ) предшествовало решение Архиерейского Собора Русской Православной Церковью Заграницей от 2/15 мая 1990 г. об учреждении на территории СССР своих церковных структур (т.е. епархий, благочиний, приходов). Российское духовенство РПЦЗ в описываемый период времени состояло как из немногочисленных нелегальных (т.н. «катакомбных») общин, на протяжении многих десятилетий тайно существовавших в Советском Союзе, так и из приходских общин, в перестроечное время вышедших по тем или иным причинам из юрисдикции Московского Патриархата. Для духовного окормления «катакомбных» общин РПЦЗ еще в 1982 г. рукоположила тайного епископа Лазаря (Журбенко). Его хиротония проходила на одной из московских квартир во время туристического посещения СССР епископом РПЦЗ Варнавой (Прокофьевым). В июне 1990 г. решением Архиерейского Собора РПЦЗ тайный епископ Лазарь (Журбенко) перешел на открытую форму церковного служения.

Примерно в это же время Московский Патриархат покинул архимандрит Валентин (Русанцов), настоятель Цареконстантиновского собора г. Суздаля. Его решение присоединиться к РПЦЗ было мотивировано банальным нежеланием выполнять распоряжение правящего архиерея о переводе на другой приход. Вскоре архимандриту Валентину был дарован титул Экзарха Архиерейского Синода РПЦЗ в России и вручено управление всеми российскими приходами Русской Зарубежной Церкви, некогда пребывавшими в составе Московского Патриархата. Более того, данным приходам было усвоено название «Российская Православная Свободная Церковь» (РПСЦ). За епископом Лазарем (Журбенко) сохранялось право управления «катакомбными» общинами. Вполне естественно, что между архимандритом Валентином и епископом Лазарем разгорелось жесткое противостояние в борьбе за власть и влияние на российские приходы РПЦЗ. Дабы урегулировать положение, в феврале 1991 г. Архиерейский Синод РПЦЗ принял решение возвести епископа Лазаря в сан архиепископа, с назначением его на должность Первоиерарха РПСЦ. В свою очередь, архимандрит Валентин был рукоположен во епископа Суздальского.

Однако противостояние продолжалось... В том же 1991 г. архиепископ Лазарь (Журбенко) добился архиерейской хиротонии своего ближайшего сподвижника иеромонаха Вениамина (Русаленко) во епископа Гомельского. Помимо недовольства друг другом, архиепископ Лазарь и епископ Валентин подвергали резкой критике российскую церковную политику Архиерейского Синода РПЦЗ. Согласно их мнению, российские епархии должны были обладать абсолютной административной независимостью от руководящего центра Русской Зарубежной Церкви. Общее недовольство на время даже объединило архиепископа Лазаря с епископом Валентином, которые в 1993 г. заявили о своем формальном отделении от РПЦЗ. В 1994 г. мятежные архиереи провозгласили образование независимой церковной структуры, получившей наименование «Временное Церковное Управление Российской Православной Свободной Церкви» (ВЦУ РПСЦ). Вслед за этим были проведены и новые «архиерейские хиротонии». Новопоставленными «иерархами» ВЦУ ПРЦ стали «епископ Одесский» Агафангел (Пашковский), «епископ Борисовский, викарий Суздальской епархии» Феодор (Гинеевский), «епископ Сухумский, викарий Суздальской епархии» Серафим (Зинченко), «епископ Тульский и Брянский» Арсений (Тихомиров-Киселев) и «епископ Казанский и Марийский» Александр (Миронов).

Реакция Архиерейского Синода РПЦЗ на произошедшее последовала незамедлительно. Архиепископ Лазарь (Журбенко) и провозгласивший себя «архиепископом» Валентин (Русанцов) были запрещены в священнослужении, а «хиротонии» новых «архиереев» не были признаны действительными. Строгость наложенных прещений на время оказало свое отрезвляющее воздействие. В декабре 1994 г. состоялось примирение ВЦУ РПСЦ с РПЦЗ, что имело вполне определенные последствия для бунтовщиков. Так, Валентин (Русанцов) был лишен титула «архиепископа», а всем пятерым незаконно рукоположенным «иерархам» вскоре были выдвинуты жесткие условия признания их «архиерейских хиротоний», включавшие в себя обязательное принесение архиерейской присяги на верность Архиерейскому Синоду РПЦЗ и на протяжении установленного испытательного срока проживать в США под надзором священноначалия РПЦЗ.

Отказавшись от выполнения названных условий, «епископ Тульский и Брянский» Арсений (Тихомиров-Киселев) и «епископ Казанский и Марийский» Александр (Миронов) дистанцировались как от РПЦЗ, так и от «Российской Православной Свободной Церкви». В ноябре 1997 г. они провозгласили образование «Высшего Церковного Управления Православной Российской Православной Церкви» и выступили с инициативой своего воссоединения с РПЦЗ, однако получили отказ и продолжили свое пребывание в состоянии раскола и отделения от канонической Церкви.

Следует отметить, что в 1996 г. из юрисдикции РПЦЗ вышел епископ Валентин (Русанцов), образовавший раскольническую религиозную организацию, известную ныне как «Российская Православная Автономная Церковь» (РПАЦ). В 2001 г. архиепископ Лазарь (Журбенко) также покинул юрисдикцию Русской Зарубежной Церкви, основав раскольническую организацию, именуемую ныне «Русской Истинно-Православной Церковью» (РИПЦ).

В феврале 1998 г. "епископ Тульский и Брянский»" Арсений (Тихомиров-Киселев) и "епископ Казанский и Марийский" Александр (Миронов) присоединились к "Российской Истинно-Православной Церкви" (РосИПЦ). В новой церковной юрисдикции Арсений (Тихомиров-Киселев) получил титул "епископа Владимирского и Муромского".

В конце 1998 г. названные "иерархи" покинули "Российскую Истинно-Православную Церковь" и вошли в состав "Российской Истинно-Православной Церкви" юрисдикции "митрополита" Амвросия (Катамадзе).

Со времени своего образования в 1997 г. до декабря 2008 г. ВЦУ ПРЦ возглавлялась «епископом Тульским» Арсением (Тихомировым-Киселевым), впоследствии принявшим титул «митрополита Коломенского и Можайского». С декабря 2008 г. исполняющим обязанности Председателя ВЦУ ПРЦ исполняет «митрополит Пензенский и Поволжский» Тихон (Киселев).

Вплоть до произошедшего несколько дней назад воссоединения с Московским Патриархатом приходских общин, в составе ВЦУ ПРЦ пребывали следующие общины:

• 1. Свято-Троицкий женский монастырь в с. Острово Орехово-Зуевского р-на Московской обл.
• 2. Храм-подворье в честь св. препмц. княгини Елизаветы в Одинцовском р-не Московской обл.
• 3. Община храма в честь Иоанна Предтечи Дмитровского р-на Московской обл.
• 4. Свято-Троицкий скит в д. Песьяне Владимирской области. 
• 5. Приход Св.Мч Иосифа митрополита Петроградского (г. Санкт-Петербург).
• 6. Приход Св.Животворящей Троицы (Ленинградская область).
• 7. Приход преп. Серафима Саровского (г. Санкт-Петербург).
• 8. Молитвенный дом в честь невинно-убиенных за веру (Бакситогорский район Ленинградской обл.).
• 9. Свято-Димитриевский кафедральный собор в с. Поселки Кузнецкого р-на Пензенской обл.
• 10. Приход свщмч. Харалампия в г. Кузнецка Пензенской обл.
• 11. Община свт. Николая Чудотворца в с. Никольское Кузнецкого р-на Пензенской обл.
• 12. Община в честь царя-мученника Николая в с. Неверкино Пензенской обл. 
• 13. Монастырь в честь Казанской иконы Божией Матери в с. Лимзяйка Пензенской обл.
• 14. Приход Смоленской иконы Богородицы и Приснодевы Марии "Одигитрия" в г. Нижний Новгород.
• 15. Братство во имя праведного свят. Андрея Уфимского в г. Нижний Новгород.
• 16. Приход Святой Живоначальной Троицы в г. Нижний Новгород.
• 17. Свято-Успенский женский монастырь в г. Уфе.
• 18. Приход в честь Нерукотворного Образа Господа Иисуса Христа - подворье ВЦУ ПРЦ в Украине (г. Белгород-Днестровский).
• 19. Православное братство "Спас" в г. Одессе.
• 20. Храм св.Серафима Вырицкого в г. Красноярске.
• 21. Свято-Троицкий храм в п. Хайдак Красноярского края.
• 22. Женский скит в честь Державной иконы Божией Матери в г. Дивногорске.
• 23. Храм в честь пророка Божия Илии в п. Камарчага Красноярского края.
• 24. Приход в честь св. Иннокентия Иркутского в п. Епишино Енисейского р-на Красноярского края.
• 25. Казанский женский монастырь в с. Смолдеярово (Республика Татарстан).
• 26. Приход-община в честь свящмч. Иосифа Петроградского в г.Казань.
• 27. Приход-община в честь св. блгв. кн. Александра Невского в г.Казань.
• 28. Приход-община в честь муч. Евдокии в г.Казань.
• 29. Приход-община Знамения Пресвятой Богородицы в с.Емельяново Лаишевского района (Республика Татарстан).
• 30. Приход в честь Святой Троицы в с. Теньки К.-Устьинского р-на (Республика Татарстан).
• 31. Приход-община в честь прор. Илии в г.Казань.
• 32. Приход-община в честь свю мученицц Веры Надежды и Любови и матери их Софии в г.Казань.
• 33. Три прихода в Молдавии.
• 34. Один приход в Румынии.

По состоянию на август 2009 г «епископат» ВЦУ ПРЦ включал из следующих лиц:

• Тихон (Киселев), «митрополит Пензенский и Поволжский», управляющий Поволжским митрополичьим округом, И.О. Председателя ВЦУ ПРЦ.
• Тихон, «епископ Волоколамский», викарий Московской митрополии, управляющий приходами и общинами ВЦУ в г. Москве.
• Филипп (Филипченко), «архиепископ Нижегородский и Ардатовский».
• Гедеон, «епископ Бронницкий», викарий Коломенско-Можайской митрополии, управляющий приходами ВЦУ в Москве и Московской области. «Иеромонах» Андриан, администратор «Кишиневско-Молдавской епархии».
• Максим, «архиепископ Троицкий», председатель Отдела Внешних связей ВЦУ ПРЦ.

• Феодосий, «епископ Орловский и Брянский».
• Арсений (Тихомиров-Киселев), «митрополит Коломенский и Можайский».