"Митрополит" Даниил (в миру Йордан Стойков) родился 25 сентября 1956 г. в болгарском городе Пловдиве. Окончив среднюю школу, он в 1973 г. был призван на срочную воинскую службу, которую проходил в 29 пограничном полку. За хорошую службу был отмечен медалью и направлен на обучение в школу офицеров запаса. После увольнения из армии Й. Стойков поступил в Софийскую Духовную Академию имени святого Климента Охридского. Завершив свое богословское образование в 1988 г., он был назначен на административную должность в Свято-Воскресенский монастырь в Асеновграде. 

В 1989 г. Йордан Стойков начал активную политическую деятельность, выступая на стороне антикоммунистов. В том же году после неудачных выборов он был вынужден переселиться во Францию. Проживая в Париже, Й. Стойков в 1991 г. поступил в Свято-Сергиевский Богословский институт, где защитил докторскую диссертацию по церковной истории. Одновременно с обучением он принимал активное участие в жизни болгарской диаспоры, регулярно публиковал свои статьи на политические и религиозные темы в журнале "БЪДЕЩЕ" ("БУДУЩЕЕ"). 

В 1997 г. Йордан Стойков вернулся в Болгарию. Принадлежа к альтернативной "Болгарской Православной Церкви", он в 1998 г. принял монашеский постриг и был наречен Даниилом. Вскоре после пострижения монах Даниил (Стойков) был рукоположен "епископом Браницким" Амвросием во "иеродиакона" и "иеромонаха". Вскоре его назначили настоятелем храма святых Кирилла и Мефодия в Пловдиве и возвели в сан "архимандрита". 

Решением Святого Синода альтернативной "Болгарской Православной Церкви", принятым в 1999 г., "архимандрит" Даниил (Стойков) был избран "епископом Стобийским", временно управляющим Пловдивской епархией. В его "архиерейской" хиротонии, состоявшейся 28 сентября 1999 г., приняли участие следующие "иерархи":

• Иннокентий (Петров), "митрополит Софийский"
• Борис (Богоев), "митрополит Пловдивский"
• Гавриил, "митрополит Неврокопский"
• Иаков, "митрополит Самоковский"
• Евлогий, "митрополит Смолянский"
• Константин, "епископ Маркианопольский"
• Никон, "епископ Агатопольский".

В 2001 г. "епископ" Даниил (Стойков) был назначен временно управляющим Бургаско-Дебелтской епархией.

В середине 2004 г. в судебном порядке у альтернативной "Болгарской Православной Церкви" были отобраны все храмовые здания. В этом же году "епископ" Даниил (Стойков) покинул пределы Болгарии и начал организовывать "епархию в изгнании". 

Осенью 2008 г. Европейский суд по правам человека признал незаконным решение болгарских судебных инстанций, принятое в 2004 г. в отношении к альтернативной "Болгарской Православной Церкви". В том же 2008 г. "епископ" Даниил произвел раскол в названной неканонической религиозной организации. По его инициативе был созван "Высший Церковный Совет", провозгласивший образование "Истинно-Православной Болгарской Церкви" ("Истинно Православна Българска Църква") и наделивший самого "епископа" Даниила титулом "митрополита Филиппольского", управляющего Южно-Болгарской епархией.