Николай Иванович Субботин родился в 1827 г. Окончил Шуйское Духовное Училище, Владимирскую Духовную семинарию и Московскую Духовную Академию. Получив академическое образование, Николай Иванович в 1852 г. был назначен преподавателем библейской и церковной истории Вифанской Духовной Семинарии. Уже в 1854 г. молодой преподаватель защитил магистерскую диссертацию на тему „Об отношениях духовенства русского к князьям с XI до половины XV века". В следующем, 1855 году, он был назначен бакалавром (преподавателем) герменевтики и истории русского раскола Московской Духовной Академии. Спустя четыре года, Н.И. Субботину было присвоено звание экстраординарного профессора. В 1874 г. Николай Иванович защитил докторскую диссертацию на тему "Происхождение ныне существующей у старообрядцев, так называемой австийской, или Белокриницкой иерархии" и вскоре был утвержден в звании ординарного профессора.

На протяжении многих лет Николай Иванович Субботин не только занимался изучением истории старообрядчества, но и возглавлял кафедру истории и обличения раскола в Мосоквской Духовной Академии.

Свою научно-исследовательскую деятельность  Н.И. Субботин успешно совмещал  с миссионерским служением, способствуя воссоединению старообрядцев с Православной Российской Церковью. Кроме того, с 1875 г. Николай Иванович являлся редактором противораскольнического журнала "Братское слово". Перу Николая Ивановича принадлежат десятки книг и статей по расколоведению, частичный список которых опубликован на нашем сайте в разделе "Дореволюционные труды по расколоведению/Труды Московской Духовной Академии".

В 1894 г. Николай Иванович вышел на пенсию, не оставив, однако, своей кипучей литературной деятельности, регулярно публикуя материалы по расколоведению в изданиях "Душеполезное чтение",  "Русский вестник", "Московские ведомости", "Православный путеводитель" и др.

Упокоился великий русский расколовед Николай Иванович Субботин в 1905 г.